• Le lac Saint-Jean, incluant les baies, marais, marécages et étangs jusqu’à la ligne des hautes eaux modifiées du lac, fixée à la cote d’altitude géodésique 101,84 m (17,5 pi) sur l’échelle du quai de Roberval.
• La Grande Décharge en amont des barrages de l’Ile Maligne (barrages d’Alcan), incluant les eaux de ses tributaires à l’intérieur de la route 169 (ruisseau Rouge, ruisseau des Chicots, ruisseau des Harts et rivière Mistouc).
• La Petite Décharge en amont des structures de rétention du lac Saint-Jean (évacuateurs d’Alcan).
• La rivière Belle-rivière - 8,7 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au barrage situé en aval du pont du rang Sainte-Anne.
• La rivière Couchepaganiche - 0,6 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au pont de la route 169 dans le secteur de Métabetchouan.
• La rivière Métabetchouane - 6,6 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au barrage du Trou de la Fée.
• La rivière Ouiatchouan - 0,8 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au pied du premier rapide situé en amont du pont de la route 169 à Val-Jalbert.
• La rivière Ashuapmushuan - 80,0 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’aux Chutes de la Chaudière.
• La rivière aux Saumons - 47,0 km
  Embouchure dans la rivière Ashuapmushuan jusqu’à la chute située à 400 m en amont de l’embouchure du ruisseau du Pied des Chutes.
• La rivière Pémonca - 8,0 km
  Embouchure dans la rivière Ashuapmushuan jusqu’à la première chute située à l’ouest de la route 167, près du poste d’accueil sud de la réserve faunique Ashuapmushuan.
• La rivière du Cran - 6,5 km
  Embouchure dans la rivière Ashuapmushuan jusqu’à la première chute située à l’ouest de la route 167, près de l’embouchure du lac Menetou.
• La rivière Ticouapé - 6,2 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au pont de la route 373 dans le secteur de Saint-Méthode.
• La rivière Mistassini - 54,0 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’à la Onzième Chute.
• La rivière Mistassibi - 2,0 km
  Embouchure dans la rivière Mistassini jusqu’au pont de la route 169 à Mistassini.
• La rivière aux Rats - 0,6 km
  Embouchure dans la rivière Mistassini jusqu’au pont du rang Saint-Luc.
• La rivière Ouasiemsca - 88,0 km
  Embouchure dans la rivière Mistassini jusqu’à la chute située à 25 km en amont de l’embouchure de la décharge du lac Rond.
• Le lac à Jim
  Embouchure dans la rivière Micosas jusqu’au pont de la rivière Croche situé à l’extrémité sud-est du lac.
• La rivière Micosas - 14,5 km
  Embouchure dans la rivière Ouasiemsca jusqu’à la chute située à 1 km en amont de l’embouchure de la rivière aux Dorés.
• La rivière Péribonka - 22,0 km
  Embouchure dans le lac Saint-Jean jusqu’au barrage de Chute à la Savane.
• La Petite rivière Péribonka - 59,5 km
  Embouchure dans la rivière Péribonka jusqu’à la limite sud de la ZEC des Passes.